1679 году от разрушительного землетрясения пострадала также церковь Св. Богородицы в административном районе Канакер. Надпись на стене церкви свидетельствует о том, что она была построена в 1695 году, на средства местных жителей. Церковь Св. Богородицы представляет собой типичную трёхнефную базилику.
В советское время церковь использовалась не по назначению, на этом месте был склад.
После провозглашения независимости в Армении церковь была отремонтирована агентством по охране памятников истории и культуры.